“２大スター、ふたたび共演！”
いずれは捨てられてしまうおもちゃ達
「アンディの家」に戻るのか、「日本の博物館」に行くのか。
ウッディの心は揺れ動いていました。
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あらすじ１：誘拐されたウッディ
ウッディとバズはいつものようにアンディに楽しく遊んでもらっていた。アンディの飼い犬バスターも、おもちゃたちの良い友達である。
ある日、アンディと遊んでいる最中、なんとウッディの右肩の糸がほつれてしまう。キャンプにウッディを連れて行こうとしていたアンディはウッディを置いて行くことに。
置いていかれたウッディは「アンディに捨てられる悪夢」を見るほど落胆する。
そんな矢先、アンディの母親がヤードセールで不要品を売る事に。棚の上でホコリを被っていたペンギン人形のウィージーも売りに出されることに。
ウッディは子犬のバスターとウィージーを救出するが、部屋に戻ろうとした所、ヤードセールに取り残されてしまった。
おまけにたまたまガレージセールを見に来ていたおもちゃマニアで玩具量販店「トイ・バーン」経営者アルに見つけられ、ウッディを譲ってほしいとママに交渉する。
「昔からある大事なおもちゃなんです」
ママは売るのを拒否したが、アルは隙を突きウッディを盗んでしまう。このままではウッディが日本のおもちゃ博物館に売り飛ばされてしまう!
バズたちアンディのおもちゃは、盗まれてしまったウッディを救出するべく行動を開始した。
あらすじ２： 西部劇の仲間たち
連れ去られた先でウッディが出会ったのはカウガールのジェシーや金鉱掘りのプロスペクター、そして馬のブルズアイ
ウッディは自分が人気番組『ウッディのラウンドアップ』の主役であり、その番組が打ち切られていまはレアグッズであることを認識する。
ジェシーやプロスペクターは「ラウンドアップの仲間」が揃ったので、日本のおもちゃ博物館に行けることを喜ぶ。
「帰らなきゃ、おれはアンディのおもちゃなんだ」
しかし、ウッディは持ち主がいるので行けないと断る。暗い倉庫に逆戻りすることになるジェシーたちはひどく落ち込む。
「おもちゃは忘れられない、エミリーもアンディも。でも向こうは忘れちゃう」
ジェシーもウッディと同じように持ち主に大切にされたが、やがて持ち主が成長してベッドの下に忘れ去られ、そのまま捨てられてしまっていたのだ。
プロスペクターに至ってはおもちゃ屋の棚で売れ残ってしまった事からすっかり心を閉ざしてしまっていた。
アンディは大人になる。それを止めることはできない。
決めるがいい、家に戻るか、永遠の命を得て何世代にもわかって子供達に慕われ続けるか。
ウッディは自分も博物館に行くことを決意する。
あらすじ３：ウッディとバズの決別
一方、バズ達はアルのトイ・バーンでウッディを探していた。その途中でバズがベルト付きのニュー・バズに捕まり、成り代われてしまった。
ニュー・バズに率いられた一行は、ついにアンディを見つける。
バズ、俺はいけない
こいつらを見捨てられないよ
きみはコレクターズアイテムじゃない
子供の遊び相手なんだ
だけどいつまで？
アンディに捨てられたら？どうしたらいい
おもちゃは子供に愛されてこそ生きる喜びがある。
かつてそうおしえてくれたやつがいたんだ。
だからこそ危険を犯して助けに来た。
激しく言い争うウッディとバズ
こうするしかないんだよ、バズ
名誉なことなんだ
名誉、なにが？
ガラスの向こう側から子供達を眺めることか？最高だな。
バズはウッディに愛想を尽かし、帰ってしまう。
あらすじ４：プロスペクターの抵抗
途方に暮れたウッディはビデオを見ると、そこには歌っている途中で子供に抱きしめられている自分の姿が。
それを見たウッディは自分の過ちに気付き、ラウンドアップのみんなを連れて一緒に帰ることを選んだ。
しかし、プロスペクターは反対だった。
「オンボロのカウボーイ人形なんぞに邪魔されてたまるか」
誰よりも博物館に展示されていることを望んだ彼はウッディを無理やり箱に入れると、そのままアルに連れていかれてしまった。バズ達は車を運転して必死にアルを追いかける。
飛行場に着いたバズたちはウッディを捜索すると、荷物を運ぶコンベアでついにウッディを助け出す。
馬鹿め、いずれガキ共に壊されるんだ
バラバラにされ、捨てられて、どこかの埋立地でゴミにまみれて腐っていく
悪あがきするプロスペクター
勝手にほざいてろ、お前の遊びの楽しさをそろそろ知るべきだな
ウッディはプロスペクターを落書きをする女の子のリュックに入れてしまった。
あらすじ５：飛行機からの脱出
プロスペクターを追い払ったウッディだが、ジェシーが飛行機内に運ばれてしまった。
「行くぞ！走れ風のように、ブルズアイ」
ブルズアイに乗って必死に追いかけたウッディはついにジェシーを助け出す。
アンディに嫌われることを恐れていたジェシー。それでも、アンディに妹がいることを知り、喜んで飛行機から降りようとする。
しかし、ドアはしまってしまい、いまにも飛行機が離陸しそうになる。
ブルズアイに乗ったバズが追いかけてきていることに気付いたウッディは、ジェシーと飛び降りることを提案。
打ち切りになったじゃない！あの後どうなるかわからない
だったら一緒につくろうぜ
飛行機から飛び降りた2人はブルズアイの上に見事着地。
飛行機は彼らが降りていることも知らずに、飛び去っていった。ジェシーはウッディの活躍に感激し、そのままアンディの家に帰っていった。
あらすじ６：新しい家族
アンディがキャンプから帰って来ると、ベッドには「おかえりアンディ」と書かれたボードとおもちゃたちがアンディを待っていた。
ママが新しいおもちゃを買ってくれた勘違いしたアンディは大喜びで遊ぶ。
「あたしたちまた家族ができたんだね」
ジェシーとブルズアイも嬉しそう
心配か？
アンディのこと？
ぜんぜん。今を目一杯楽しむのさ。
それでいいんだカウボーイ
それにだ、その時が来てもおれのそばには相棒のバスがいる
無限の彼方へ共に行こう
